Às vezes pode ser confuso entender a diferença entre lisossomos e peroxissomos, uma vez que ambas as organelas estão envolvidas na quebra de moléculas e na neutralização de riscos para a célula, além de apresentarem-se morfologicamente como pequenas bolhas arredondadas. No entanto, o peroxissomo é uma organela diferente, com propriedades e funções singulares na célula.