Atualmente, aceita-se que mitocôndrias surgiram a partir do englobamento de procariontes aeróbios por células eucariontes anaeróbias. O mesmo processo teria ocorrido com procariontes fotossintetizantes, que deram origem aos cloroplastos.
A presença de DNA próprio e a capacidade de autoduplicação dessas organelas fortalecem a explicação citada acima, que recebe o nome de