As ligações entre nucleotídeos que unem as duas fitas são ligações de hidrogênio (também chamadas de pontes de hidrogênio).

As ligações que unem nucleotídeos da mesma fita são do tipo fosfodiéster.

Por convenção estabeleceu-se que a extremidade 5’ apresenta o último nucleotídeo e a extremidade 3’ o primeiro nucleotídeo.

O grupo fosfato é responsável pela carga negativa do nucleotídeo.

A polimerização da fita ocorre entre a hidroxila do C-5’ de um nucleotídeo e a hidroxila do C-3’ da pentose do nucleotídeo seguinte.