Embora imprecisa, a classificação dos protozoários baseada no modo de locomoção é eficiente para categorizar esse grupo que é tão diverso. Assim, esses organismos podem ser divididos em rizópodos, ciliados, flagelados e esporozoários. As amebas, um dos protozoários mais conhecidos, possuem vida livre e habitam água doce. Entretanto, existem espécies comensais que vivem dentro do corpo humano sem causar prejuízos, como a Entamoeba coli, que habita o intestino grosso e a Entamoeba gingivalis, que vive na boca. Poucas são parasitas, como a Entamoeba histolytica, que vive no intestino grosso do ser humano e provoca a amebíase.