Falta de recursos para explorar a capitania, resistência indígena contra a ocupação de suas terras, o isolamento das capitanias e a distância da metrópole foram fatores que contribuíram para o fracasso do sistema de capitanias hereditárias no início da colonização portuguesa. Alguns donatários sequer chegaram a tomar posse de suas capitanias.
Apesar das dificuldades, algumas capitanias obtiveram êxito. Nesse sentido podemos apontar