Nos séculos finais da Idade Média, é possível observar a paradoxal coexistência de enormes avanços técnicos e desenvolvimento científico em paralelo ao recrudescimento da intolerância religiosa. 

A história das perseguições religiosas surge originalmente durante a Idade Média, com a associação entre a religião católica e a política depois da conversão de Teodósio ao cristianismo. 

Marcada pela pluralidade religiosa, a Europa Medieval assistiu ao congraçamento de judeus, cristãos e muçulmanos, com a culminância, no século XVI, do que poderia ser considerado um exemplo de convivência e respeito à diversidade religiosa. 

O cristianismo se confundiu com as fronteiras do Império Romano e, durante a Idade Média, foi a religião exclusiva praticada na Europa, no norte da África e no Oriente Próximo. 

A Igreja Católica, controlando o conhecimento e a fé, se firmou como elemento de congregação política de todos os povos durante a Idade Média.