O batimento sincrônico dos cílios permite o deslocamento de muco através do epitélio ciliado da traqueia, enquanto os flagelos permitem o deslocamento dos espermatozoides no líquido espermático.

Os cílios são curtos e numerosos, enquanto os flagelos são longos e pouco numerosos. Ambos estão relacionados à locomoção de células eucarióticas em seres multicelulares.

Cílios e flagelos originam-se de centríolos que migram para a periferia da célula e crescem pelo alongamento dos seus microtúbulos. Os microtúbulos centriolares são constituídos por nove pares de dois microtúbulos periféricos e um par central, arranjo 9+2.

A parte basal que origina os cílios é o cinetossomo, enquanto os flagelos originam-se basalmente do centrossomo.

Cílios e flagelos são constituídos por nove grupos de três microtúbulos periféricos de tubulina e um par central.