A Guerra do Paraguai fez com que o Exército se tornasse uma instituição organizada, profissional e corporativista, o que diminuiu a força e importância da Guarda Nacional.

O contato com militares argentinos e uruguaios, oriundos de países republicanos, fez surgir entre os soldados brasileiros uma certa admiração pela República, que seria, mais tarde, fundamental para que aderissem à campanha republicana.

A guerra contribuiu para o surgimento, através de promoções rápidas e sucessivas, de uma nova geração de altos oficiais que desempenharam um papel importante no processo de proclamação da República.

A Guerra do Paraguai acirrou as disputas e a diferenciação entre os soldados livres e aqueles que eram ex-escravos. Com o crescimento do preconceito, o Exército passou a atuar ativamente contra o abolicionismo e engajou-se nas campanhas para combater os quilombos e as fugas em massa de escravos.

Nos anos finais do Império, a indisciplina militar tornou-se um problema crônico, o que era agravado pelo não reconhecimento, por parte do governo monárquico, do papel político que os militares desempenhavam.