tanto a bacia do rio Tocantins quanto a do São Francisco são ameaçadas por contaminação de agrotóxicos nas áreas do Chapadão, cujos divisores topográficos não impedem os fluxos subterrâneos das substâncias utilizadas nas monoculturas.

a maior parte das áreas cultivadas localiza-se no estado do Tocantins, sendo erodidas pelos rios sem conexão com o topo do Chapadão Ocidental Baiano, o que dificulta a dispersão dos agrotóxicos.

a bacia do rio São Francisco é ameaçada pelos agrotóxicos, pois os divisores de águas nas áreas do Chapadão tendem a fluir as substâncias nas drenagens somente para o estado da Bahia.

tanto a bacia do rio Tocantins quanto do rio São Francisco se encontram distantes das áreas de topo do Chapadão Ocidental Baiano onde estão as monoculturas, dificultando a efluência dos agrotóxicos em ambos.

a bacia do rio Tocantins é mais ameaçada do que a do São Francisco pela contaminação originada do uso de agrotóxicos, pois os divisores de águas convergem para o estado do Tocantins.