O uso das águas subterrâneas é mais comum nas cidades do que em zonas rurais, uma vez que o investimento necessário para exploração dos aquíferos é mais elevado do que aquele para exploração de rios e lagos (águas superficiais).

Lixões irregulares e vazamentos nas redes de condutos sanitários estão entre as principais fontes de contaminação dos aquíferos nas cidades, enquanto o uso de fossas rudimentares e agrotóxicos são os contaminantes principais nas zonas rurais. 

A proteção das nascentes é fundamental para a boa qualidade das águas subterrâneas, sendo necessário garantir a integridade das suas áreas de preservação permanente, que são capazes de reter boa parte dos contaminantes.

Aquíferos rasos devem ser priorizados na exploração de água para o abastecimento público, pois são mais resistentes à contaminação pela percolação no solo de materiais tóxicos advindos das atividades humanas superficiais.

As águas subterrâneas são mais sensíveis ao aquecimento global do que as águas superficiais, já que podem estar armazenadas nos aquíferos há centenas ou até milhares de anos, o que faz com que sua reposição seja muito lenta.