As cores dos pimentões são definidas pelos genes D e R que se segregam independentemente, havendo dominância completa entre seus respectivos alelos. Na casca desses frutos, o alelo D não permite a produção de pigmento verde e o alelo d permite a produção desse pigmento. O alelo R determina a produção de pigmento vermelho e o alelo r a produção de pigmento amarelo. No quadro constam as possíveis cores dos pimentões conforme a composição de pigmentos na casca desses frutos.