A respeito dos ecossistemas aquáticos, eles dividem-se em talassociclo e limnociclo. As lagoas são um tipo de ecossistema límnico e contêm tipicamente três grupos de produtores: fitoplâncton, plantas e algas bênticas. Elas possuem algumas características, quando comparadas aos oceanos e mares em geral, como pequena profundidade (cerca de apenas 350 metros), temperatura bem mais variável, baixa salinidade (em média 18g/l) e menor penetração de luz solar.