A eletroforese consiste na migração de moléculas ionizadas, de acordo com suas cargas elétricas e pesos moleculares em campo elétrico. 

Moléculas com carga negativa migram para o polo positivo (cátodo), e moléculas com carga positiva migram para o polo negativo (ânodo). A carga líquida das moléculas é função somatória dos aminoácidos que as constituem. Em razão de as proteínas serem substâncias anfóteras, ou seja, capazes de adquirir carga positiva ou negativa em função do pH, é indispensável manter constante o pH do meio durante a eletroforese, pelo uso de soluções-tampão. 

 

Disponível em: http://www.cnpt.embrapa.br. Acesso em: 30 de julho de 2014. 

Para realizar uma eletroforese, a corrente não deve exceder 2 mA, para não aquecer desnecessariamente o suporte. Sendo a resistência do suporte de 1,2 . 10⁴ Ω por centímetro de comprimento, podemos afirmar que, para um suporte de 6 cm, a voltagem não deve exceder, no máximo,