Uma grande quantidade de poluentes surge em sistemas aquáticos naturais por meio de fontes pontuais e difusas. As fontes pontuais são facilmente identificadas e diagnosticadas e, por este motivo, é possível estabelecer medidas de controle ou, em alguns casos, ações que visam punir os responsáveis pelo descarte de resíduos que não se enquadram à legislação vigente. Ao contrário das fontes pontuais, as fontes difusas são aquelas cuja origem não pode ser facilmente identificada. Cargas difusas, originadas em extensas áreas, podem ser transportadas de inúmeras maneiras até atingir o corpo aquático receptor.