O Vale do Javari foi alvo de grande repercussão internacional com os assassinatos do jornalista inglês Dom Philips e do indigenista Bruno Pereira, o que trouxe novamente ao debate público a questão da ausência ou ineficiência das ações do Estado brasileiro nessa porção do território, em especial, nas terras indígenas.

A Terra Indígena Vale do Javari, que tem a maior concentração de povos isolados do mundo, está inserida em uma posição geográfica atrativa para organizações criminosas, que atuam no tráfico de armas, roubo de madeira e caça, pesca e garimpos ilegais.

O Vale do Javari encontra-se em uma região de planalto, conforme classificação de Jurandyr Ross (1990), tem relevo tipicamente desenvolvido em bacia sedimentar, o que explica a grande quantidade de carreamento sedimentar ao longo dos rios entrelaçados, bastante presentes na região amazônica.

O rio Itaquaí, situado no Vale do Javari, apresenta um tipo de canal meandrante, que é marcado pelos meandros abandonados, pela sinuosidade e pela carga sedimentar em suspensão e de fundo em quantidades mais ou menos equivalentes.