O tratamento do esgoto por meio de um processo denominado “lodo ativado” é baseado na capacidade natural de depuração, ou “purificação” da água com elevados níveis de matéria orgânica, por meio da atividade de microrganismos e micrometazoários (animais microscópicos). À medida que os microrganismos modificam as características físicas e químicas da água, determinados grupos funcionais vão se tornando mais abundantes. Ao mesmo tempo, as relações tróficas entre os organismos também determinam mudanças na composição e abundância da microfauna (=fauna de organismos microscópicos). O acompanhamento dessas mudanças permite avaliar a eficiência de cada etapa do processo de depuração da água. Dentre os organismos atuantes nesse processo, podemos destacar quatro grupos funcionais: 1-protozoários ciliados e flagelados que se alimentam da matéria orgânica dissolvida na água; 2-protozoários ciliados bacterívoros que se alimentam de bactérias heterotróficas; 3-bactérias heterotróficas que se alimentam da matéria orgânica dissolvida na água e 4- anelídeos e rotíferos que se alimentam dos protozoários.