A UEMA foi criada em 1972 e inicialmente chamada de Federação das Escolas Superiores do Maranhão – FESM. Ela se tornou a Universidade Estadual do Maranhão (Uema) em 1981 e entrou em funcionamento completo em 1987, a princípio com 19 campi em três cidades (São Luís, Caxias e Imperatriz) e 22 centros de ensino.
Atualmente, a instituição possui mais de 25 mil estudantes nos cursos de graduação e pós-graduação e cerca de 834 servidores técnicos-administrativos.